Googleスプレッドシートを使用してRFM分析を行う方法をステップ・バイ・ステップで解説したブログ記事を公開しましたので、参考にされてください。
https://otegami.co.jp/column/post_399/
RFM分析のみを目的としたアプリはそこまで良いものがないように思います。
ロイヤリティプログラムを運用できるアプリが色々ありますので、そちらが近い気がしますが、ランク付けがアプリ側のもつ基準で自動で行われたりするのと、結局各セグメントごとの詳細なレポートは排出しづらいため、やろうと思うと自分でやることになるかなと思います。
また、Easy Taggingのようなアプリを使用して、一定の閾値に達した顧客に自動でタグを付与する設定をし、タグで検索を行うことで擬似的なRFMセグメントをShopify顧客管理上で作ることは可能です。
https://apps.shopify.com/easy-tagging?locale=ja
弊社ではRFM分析の結果を元に、上記の方法で作ったセグメントを使用してKlaviyoでステップ配信を行うことがあります。
ご参考までに。